芒果被誉为“热带水果之王”，是漆树科芒果属的重要经济作物，在热带和亚热带地区广泛栽培。近期，广西漓江流域景观资源保育与可持续利用重点实验室（以下简称“重点实验室”）田新民教授课题组在芒果核基因组和叶绿体基因组研究取得新进展，相关成果分别发表在国际学术期刊《Horticulture Research》和《Ecology and Evolution》上。这两项研究成果为芒果的遗传改良与设计育种提供了理论支持和基因组资源。

一、芒果泛基因组揭示参考基因组偏差对基因组分析的影响

重点实验室联合中国农业科学院深圳农业基因组研究所等单位在《Horticulture Research》在线发表题为“Mango Pangenome Reveals Dramatic Impacts of Reference Biason Genomic Analyses”的研究论文。

本研究选取单胚性品种“Alphonso”，整合HiFi、ONT和Hi-C测序数据，构建了首个单倍型分型的T2T无缺口基因（ALT2T_HAP1和ALT2T_HAP2），基因组大小分别为346.22Mb和347.59Mb。该基因组完善和补充了端粒和着丝粒区域序列，纠正了以往版本基因组存在的组装错误。通过系统比较不同参考基因组对变异检测、群体遗传分析和功能注释的影响，证实泛基因组能显著降低参考偏差。本研究为未来芒果设计育种提供了高精度参考基因组，推动了芒果及其他高杂合作物基因组学的发展。

图1. 芒果单倍型解析的T2T基因组组装

原文链接：https://doi.org/10.1093/hr/uhaf166

二、叶绿体比较基因组与系统发育揭示芒果种质遗传变异率较低

重点实验室联合中国热带农业科学院等单位，在《Ecology and Evolution》上发表题为“Comparative Genomics and Phylogenetics of Chloroplasts Reveal Lower Rates of Genetic Variation in Mango (Mangifera)”的研究论文。

本研究对23份芒果种质（涵盖野生种、地方品种与主栽品种）进行了叶绿体基因组的组装注释和比较分析。研究表明栽培芒果的遗传变异率显著低于野生种，其叶绿体基因组在基因序列、排列及长度上均表现出高度保守性。该研究不仅揭示了野生和栽培芒果在叶绿体基因组结构和功能上的差异，更为芒果的遗传改良和品种鉴定提供了坚实的理论基础。

图2. 23份芒果种质的贝叶斯系统发育树

广西师范大学生命科学学院研究生李传宁、中国热带农业科学院黄建峰为共同第一作者，王秋燕博士、田新民教授为共同通讯作者。该研究获得了中国农业科研系统专项资金、国家自然科学基金项目、中央引导地方科技发展专项、以及广西重点研发计划项目支持。

原文链接：https://doi.org/10.1002/ece3.71957  

（图文/重点实验室 审/马姜明 田新民 莫燕华）